四川省酒类科研所有限公司的前身四川省酒类科研所（以下简称“酒科所”）是1984年按照四川省编制委员会（川编发〔1984〕061号）文件通知要求，由原四川省商业厅和四川省政府共同成立的县（团）级事业单位，由省商业厅下属的四川省专卖事业管理局、省糖酒公司（两块牌子一套人马）直接领导。

2000年7月，按四川省人民政府办公厅《转发省科技厅等部门关于19个省属科研机构管理体制改革实施意见的通知》（川办发〔2000〕62号）要求，酒科所作为首批13个应用型科研机构改革单位之一，转制为科技型企业。2000年12月，四川省流通行业办公室印发《关于同意四川省酒类科研所转制方案的批复》（川流通行管〔2000〕54号）。

2000年12月28日，经省政府协调四川省工商行政管理局（现四川省市场监督管理局），酒科所在四川省工商行政管理局记注册，类型为全民所有制，酒科所在保留“四川省酒类科研所”单位名称不变的情况下，转制为科技企业。

2001年8月，四川省科技厅印发《关于省属十三个技术开发类科研机构完成向企业化转制工作的通知》（川科财〔2001〕20号），通报十三个技术开发类科研机构已在工商行政部门进行企业登记注册，由事业法人转为企业法人，按期完成了向企业化转制的工作。

2006年4月，根据《关于四川省糖酒公司、四川省酒乐糖酒有限责任公司、四川省酒类科研所机构调整的通知》（川商集团〔2006〕030号），酒科所隶属四川省商业投资集团有限责任公司（原四川省商业集团有限公司，原简称“川商集团”，以下简称“四川商投集团”）直接代管，成为四川商投集团二级管理单位。

2020年12月，按照四川商投集团《关于调整食研院（筹）下属单位管理权的通知》（四川商投企管〔2020〕48号），酒科所及其下属公司管理权划转至四川省商投商业集团有限责任公司（以下简称“商投商业集团”）管理，成为四川商投集团三级管理单位。

2022年11月17日，根据四川省人民政府办公厅《关于印发省属企业公司制改制工作实施方案的通知》（川办发〔2018〕65号）和上级主管部门商投商业集团转发的四川商投集团《关于加快推进四川省酒类科研所改制工作的通知》（四川商投战略〔2022〕81号）要求，经成都市青羊区行政审批局批准，“四川省酒类科研所”正式更名为“四川省酒类科研所有限公司”，完成公司制改制。

2023年4月，根据《关于印发<四川省糖酒有限责任公司管理级次核定通知书>的通知》（四川商投战略〔2023〕19号）酒科所及其下属公司管理权划转至四川省糖酒有限责任公司管理，为四川商投集团三级管理单位。